流式細胞儀主要由流路系統、光學系統和電氣系統三部分組成。流道系統具有接收樣品并將其流入流通池的功能，激光束從由光源、透鏡、濾光器和檢測器組成的光學系統施加到流通池，產生光光電流。

然后，該系統檢測細胞發出的熒光，并使用電氣系統對其進行分析。流路系統由管道、閥門和泵組成，用于將樣品中漂浮的熒光標記細胞排列在一條線上進行分析。

當激光穿過細胞的被稱為詢問點的部分時，光被散射，同時通過激發與細胞結合的熒光染料而發射熒光，并且該散射光和熒光被裝置檢測。它作為一個信號。散射光有兩種類型：前向散射光信號（FS）和側向散射光信號（SS）。

使用不同的檢測器檢測FS和SS，FS反映細胞大小，SS反映細胞內結構。檢測到的信號在電子系統中轉換成數據，最終可以由軟件解釋。